Trong trường hợp đó, doanh nghiệp nên thảm khảo Thông tư mới nhất bộ tài chính Thông tư 38 /2015/TT-BTC  để tìm ra phương án giải quyết hợp lý nhất.

Điều 20 . Khai bổ sung hồ sơ hải quan

1. Các trường hợp khai bổ sung:

a) Người khai hải quan được khai bổ sung hồ sơ hải quan sau khi Hệ thống phân luồng tờ khai nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan thực hiện việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan;

b) Người khai hải quan, người nộp thuế xác định có sai sót trong việc khai hải quan thì được khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra;

c) Người khai hải quan, người nộp thuế phát hiện sai sót trong việc khai hải quan sau thời điểm cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa nhưng trước khi thông quan thì thực hiện khai bổ sung và bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính;

d) Quá thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan hoặc sau khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra, người khai hải quan, người nộp thuế mới phát hiện sai sót trong việc khai hải quan thì thực hiện khai bổ sung và bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính;

đ) Người khai hải quan thực hiện khai bổ sung theo yêu cầu của cơ quan hải quan khi kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa và bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.

Việc khai bổ sung theo quy định tại điểm b, điểm d khoản này chỉ được thực hiện đối với hàng hóa xuất nhập khẩu không thuộc Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng quản lý chuyên ngành, Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo giấy phép, Danh mục hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu, Danh mục hàng hóa tạm ngừng xuất khẩu, tạm ngừng nhập khẩu.

2. Nội dung khai bổ sung bao gồm:

a) Khai bổ sung các chỉ tiêu thông tin của tờ khai hải quan điện tử, trừ các chỉ tiêu thông tin không được khai bổ sung quy định tại điểm 3 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này; đối với các chỉ tiêu trên tờ khai hải quan mà Hệ thống không hỗ trợ khai bổ sung thì việc khai bổ sung thực hiện theo hướng dẫn tại điểm 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này;

Chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan điện tử không được khai bổ sung:

• Tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu

Chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan điện tử Hệ thống không hỗ trợ khai bổ sung: